杭州南站和杭州城站不是同一个火车站，具体区别如下：

地理位置不同

- 杭州南站位于杭州市萧山区乔司街道，是钱塘江南岸的主要客运站，承担高速动车组列车服务。 - 杭州城站（原杭州站）位于杭州市上城区环城东路，是市中心区域的主要客运枢纽，服务高速动车组、普速列车及城际列车。

功能定位不同

- 杭州南站是杭州铁路枢纽的南部节点，主要连接京沪高铁、杭甬高铁等线路，是现代化高铁站。 - 杭州城站（杭州站）是综合客运枢纽，包含城市快速公交、轨道交通等多种交通方式，是铁路与城市交通的换乘中心。

历史沿革不同

- 杭州南站原为1907年建成的杭州站，2013年随高铁建设迁建至现址，并更名为杭州南站。 - 杭州城站（杭州站）历史可追溯至1907年，是杭州最早火车站之一，从未更名。

线路服务不同

- 杭州南站主要停靠高速动车组列车，如D字头车次。 - 杭州城站（杭州站）停靠高速动车组、普速列车及城际列车，如D字头、Z字头车次。

总结：

杭州南站和杭州城站是杭州铁路系统中两个独立且功能互补的站点，需根据具体车次和出行需求选择乘车。