在小说《凡人修仙传》中，元君瑶最终成为了一位强大的修仙者，并与男主角方云山走到一起，共同探索修仙之路，成为修仙界的传奇人物。最后，在大小三千世界中和男主遨游，升为天仙。

此外，有资料提到，元君瑶和唐明黎、尹晟尧两个人的结局是其魂魄被从极打散后，用聚灵花收集，后经过炼魂将两人魂魄合二为一。

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