《翼·年代记》的结局并没有明确说明小樱和小狼是否最终在一起。以下是一些关于结局的不同说法：

没有在一起

结局中，小樱和小狼并没有在一起，小樱只能在自己国家等小狼，而小狼又开始了穿越世界之旅。

小樱被飞王用时间的诅咒杀了，小狼虽然有机会救她，但被飞王欺骗，误以为自己的父亲杀死了小樱，从而信以为真并离开。

在一起

有说法认为小樱和小狼最终回到了玖楼国，找到了真樱，并知道了从过去到现在发生的一切事情的原因。最后，小樱决定留在玖楼国，而小狼他们决定不停地旅行，直到在另一个世界遇到另一个樱，将他们所发生的一切告诉另一个世界的那个樱。

另一种说法是，小樱和小狼在经历了一系列的冒险后，最终变成了羽毛，分别回到了真樱和狼的体内，时空恢复了原状。但小狼和四月一日并没有消失，而是停滞在时空里，小狼付出了代价要不停地去旅行，以此寻找让真假樱狼四人都能存在的时空。

平行世界

还有一种说法是，小狼和小樱是另一个平行世界的人，拥有相同的灵魂。10年后，他们被拆散，小樱和真正的小狼结婚了，但小樱怀了克隆的小狼的孩子。

综合以上信息，可以得出以下结论：

《翼·年代记》的结局并没有明确说明小樱和小狼是否最终在一起，存在多种解读和假设。

小樱和小狼的命运似乎与时空的扭曲和旅行有关，他们可能会继续旅行，或者通过某种方式回到彼此身边。

因此，关于小樱和小狼是否最终在一起，没有确凿的答案。建议读者根据自己的理解和喜好来选择最符合自己期望的结局。