杨志是 被王渊杀害的。根据墓志的记载，杨志在遭受王渊的私怨后，被囚禁并遭杀害。尽管这一事件在历史上存在争议，但墓志的记载具有较高的可信度。此外，杨志在死后三年，王渊因激起“苗刘之变”而被乱兵所杀，这也间接证明了杨志是被王渊所害。

尽管存在关于杨志在征讨方腊途中病故或因病在丹徒县去世的说法，但这些说法缺乏确凿的历史证据支持，因此不能作为杨志死因的依据。

综上所述，杨志的死因是被其主将王渊因私人恩怨所杀。