关于《名侦探柯南》日语版中黑暗组织（黑衣组织）出现的集数，综合多个来源信息如下：

一、主要出场区间

700-706集

- 漆黑的特快列车系列（B/K701-704）

- 密室中的柯南（B705）

- 解谜的波本（B706）

723-724集

- 铁道部事件相关剧情

739-740集

- 小兰被灌下APTX 4869事件

770-771集

- 柏林事件相关剧情

779-783集

- 柏林事件后续

813集

- 柏林事件最终解决

836-837集

- 柏林事件后续影响

861-864集

- 柏林事件后续

866-867集

- 柏林事件后续

942集

- 柏林事件最终解决

二、其他相关集数

738集：

小五郎在酒吧里（前篇）

740集：小兰也倒在浴室里了（前篇）

865集：工藤新一被灌下APTX 4869（剧场版《名侦探柯南：基本立功》）

三、补充说明

首次登场：黑衣组织首领乌丸莲耶最初以名字与外貌轮廓登场于单行本第30册（日语版第219集）

篇外关联：部分剧场版如《工藤新一纽约事件》（286-288集）、《光彦森林迷失记》（289-290集）等涉及黑衣组织成员

以上集数综合自动画正传及剧场版内容，若需精确到分钟或细节，建议结合日版字幕进行具体分析。