广州到贵阳的高铁时间变长主要是因为实际运行中的多种因素叠加。具体原因包括：

桥梁隧道占全程8成以上：

贵广高铁全长857公里，其中桥梁隧道占全程的80%以上。在实际运行中，动车组在通过桥梁、隧道时必须减速，这会影响整体运行速度。

CRH2A型动车组250公里的运行时速无法达到：

贵广高铁作为新线，动车组在运行时必须留有速度余地和缓冲空间，同时要确保与钢轨和接触网有良好的磨合，这些因素都会限制动车组达到设计时速250公里。

途中停站时间：

贵广高铁沿线有多个停站，每站停站时间约为2分钟。这些停站时间也会增加全程运行时间。

线路条件复杂：

贵广高铁线路中存在大转弯路段、上下坡路段等，这些复杂地形也会影响动车组的速度和运行时间。

尽管存在这些因素，铁路部门通过优化列车开行结构和利用贵广高铁的提速成果，已经实现了贵阳至广州间最快3小时38分钟的“一站直达”。