《名侦探柯南》中，与黑衣组织有关的集数至少包括：

第1集《云霄飞车杀人事件》

第54集《电玩公司杀人事件》

第1009集《充满谜团的鸡尾酒（前篇）》

第1010集《充满谜团的鸡尾酒（中篇）》

第1011集《充满谜团的鸡尾酒（后篇）》

第128集《黑衣组织10亿元抢劫事件》

第129集《来自黑衣组织的女子》

第176至178集《与黑衣组织的再会》

第274集《幽灵屋的真相》

第286至288集《工藤新一纽约事件》

第289至290集《光彦森林迷失记》

第307至308集《遗留的无声证言》

第309至311集《与黑衣组织的接触》

第340至341集《厕所里隐藏的秘密》

这些集数中涉及到了黑衣组织的多个重要事件和角色，是《名侦探柯南》中非常关键的部分。