《女医·明妃传》中的谭允贤最后与朱祁镇在一起。在剧中，谭允贤起初喜欢的是朱祁钰，但在发现朱祁钰心性改变后，逐渐对其失望，并在其去世后选择离宫而去。最终，在朱祁镇退位给太子后，他去宫外寻找允贤，两人重新相遇并走到了一起。

尽管有一些剧情和角色设定上的争议，但根据大多数来源和剧情发展，可以确定谭允贤和朱祁镇是剧中的主要爱情线，并在最后走到了一起。