根据权威信息，鲁能巴蜀和巴蜀本部各有优势，具体选择需结合学生需求：

办学历史与成熟度

鲁能巴蜀是巴蜀中学创建时间最早、规模最大的校区，办学经验丰富，初中部尤其成熟，是家长热门选择。

办学性质与转公时间

- 鲁能巴蜀：2021年由江北区接管转为公办，初中、高中段均提供。 - 巴蜀本部：渝中区本部为传统公办学校，历史更久，但具体办学细节未在搜索结果中明确提及。

特色与定位

- 鲁能巴蜀：以足球特色教育闻名，2019年获评全国青少年校园足球特色学校。 - 巴蜀本部：未提及特色项目，但作为本部校区，可能拥有更丰富的教育资源。

建议：

若注重足球特色和成熟办学体系，优先选择鲁能巴蜀；若偏好传统名校资源或地理位置（如渝中区），可考虑巴蜀本部。建议实地考察或咨询学校官方获取最新信息。