《黑之契约者》中，主要涉及两个对立组织，其目的如下：

潘多拉组织（黑所在的组织）

- 核心目的：

通过操控“地狱之门”内的物质，利用契约者的超能力实现自身利益，最终企图消灭所有契约者并让世界承认其存在。 - 手段：拉拢契约者、警察、科学家等，将其作为武器进行杀戮，同时试图用“门内仪器”让契约者消失。

月见草（EPR）组织

- 核心目的：

反抗潘多拉组织的暴行，保护契约者的生存权利，并揭露组织的阴谋。 - 行动：由琥珀、白等契约者成立，通过对抗潘多拉、扩大“天堂门”不可进入领域等方式实施反抗。

补充说明：

潘多拉组织的最终目标在动画后期被揭示为通过“门内仪器”彻底消灭契约者，但具体机制未完全交代。- 黑的契约者能力源自妹妹白，他因妹妹失踪和对抗组织逐渐觉醒，最终成为对抗潘多拉的关键力量。