裸子植物与被子植物的主要区别在于种子是否被果皮包被，具体差异如下：

种子结构差异

- 裸子植物：

种子裸露，无果皮包裹，通常被鳞片或球果结构保护（如松球、银杏种子）。 - 被子植物：种子被果皮包裹形成果实，果实成熟后裂开释放种子（如苹果、大豆）。

繁殖与传播方式

- 裸子植物主要通过种子繁殖，部分种类可孢子繁殖；被子植物通过种子繁殖，果实可辅助种子传播（如风力、动物传播）。 - 被子植物因果实保护，种子存活期更长；裸子植物种子易受环境影响。

植物形态特征

- 裸子植物：

多为高大的乔木（如松树），叶片狭小（针形、鳞片状），缺乏维管束。 - 被子植物：种类丰富，包括灌木、花卉，茎叶具有维管束，根系发达。

其他差异

- 被子植物具有花、果实等器官，花部结构复杂（花瓣、花萼）；裸子植物花部简单（仅花药、花被）。 - 被子植物适应环境更广泛，裸子植物多生长在干旱地区。

总结：

两者核心区别在于种子是否有果皮包被，这一差异影响了繁殖、形态及生态适应性。