在《斗破苍穹》中，花宗宗主花玉的死亡由以下事件导致：

幽冥子的干扰

花玉被其弟子幽冥子暗害，导致双腿残疾并消耗寿元封印幽冥子于山洞中。

云韵的继任与成长

云韵在花玉临终前发现其踪迹，受两年送饭之恩后继任宗主。她后来在药老帮助下突破至八星斗尊，并在萧炎帮助下击败被封印多年的幽冥子。

最终对决与结局

云韵与萧炎联手击杀幽冥子后，花玉因伤势过重死亡。其毕生斗气被云韵吸收，云韵借此实力成为花宗新任宗主。

补充说明

花玉临终前将宗主之位和斗气传给云韵，并指定她为未来领袖。- 云韵在夺位过程中曾遭纳兰嫣然陷害，但最终在萧炎支持下化解危机。综上，花玉的死亡是云韵和萧炎共同作用的结果，但直接击杀行为由云韵完成。