营口自贸区至鲅鱼圈疏港铁路是由中铁三局承建的。具体来说，该工程于2020年10月28日正式开工建设，标志着项目由前期准备阶段进入实施阶段。开工仪式上，包括市委书记、市长在内的多位领导出席，中铁三局集团有限公司总经理李新远也参加了仪式。

此外，营口自贸区至鲅鱼圈疏港铁路PPP项目在2020年9月18日举行了合同签约仪式，市政府与中铁三局集团有限公司中铁资本有限公司联合体签署了合同。这表明中铁三局不仅是该项目的承建方，还参与了项目的投资和管理。

综合以上信息，可以确定营口自贸区至鲅鱼圈疏港铁路是由中铁三局负责承建的。