在中忍考试时期，大蛇丸与三代火影的对决发生在 第五十六回。

在这一集中，大蛇丸假扮成风影，袭击了木叶村，并设下了结界。三代火影为了守护木叶村，与伪装成大蛇丸的风影进行了一场单独对战。大蛇丸在战斗中施展了秽土转生之术，召唤出了初代火影和二代火影，但最终被三代火影阻止。在激战中，三代火影也施展了尸鬼封尽，虽然成功封印了大蛇丸的双手，但自己也因查克拉耗尽而牺牲。

因此，大蛇丸与三代火影的对决发生在《火影忍者》中忍考试的第五十六回，大蛇丸通过秽土转生之术召唤出了初代和二代火影，但最终被三代火影击败并封印了双手。