周杰伦在台湾金曲奖中获得的奖项如下：

第十二届金曲奖（2001年）

最佳流行音乐演唱专辑奖：《JAY》

第十三届金曲奖（2002年）

最佳作曲人奖：《爱在西元前》

最佳流行音乐演唱专辑奖：《范特西》

最佳专辑制作人奖：《范特西》

第十五届金曲奖（2004年）

最佳流行音乐演唱专辑奖：《叶惠美》

第十九届金曲奖（2008年）

最佳年度歌曲奖：《青花瓷》

最佳作曲人奖：《青花瓷》

演奏类最佳专辑制作人奖：《不能说的秘密》

演奏类最佳作曲奖：《不能说的秘密—琴房》

第二十届金曲奖（2009年）

最佳国语男歌手奖：《魔杰座》

最佳年度歌曲奖：《稻香》

最佳音乐录影带奖：《魔术先生》

第二十二届金曲奖（2011年）

最佳国语专辑奖：《跨时代》

最佳国语男歌手奖：《跨时代》

综上所述，周杰伦在金曲奖中获得了包括最佳国语男歌手、最佳年度歌曲、最佳作曲人、最佳专辑制作人等多个重要奖项，共计18座金曲奖杯。