《名侦探柯南》第13部剧场版《漆黑的追踪者》中出现的主要人物包括：

1. 江户川柯南（工藤新一）：故事的主角，因被灌下APTX4869毒药而身体缩小成小学生模样。

2. 毛利兰：毛利小五郎的女儿，新一的青梅竹马，空手道高手。

3. 灰原哀（宫野志保）：原黑衣组织成员，因姐姐被杀而反抗组织，是APTX4869的研制者。

4. 工藤新一：柯南的真实身份，天才侦探。

5. 服部平次：警视厅刑事部搜查二课警部，柯南的好友。

6. 远山和叶：服部平次的女友，空手道高手。

7. 毛利小五郎：私家侦探，柯南的搭档，性格迷糊但偶尔有闪光点。

8. 琴酒：黑衣组织成员。

9. Irish：黑衣组织成员。

10. 苦艾酒：黑衣组织成员。

11. 目暮十三：警视厅刑事部搜查二课课长。

12. 高木涉：警视厅刑事部搜查二课警员。

13. 佐藤美和子：警视厅刑事部搜查二课警员。

14. 白鸟任三郎：警视厅刑事部搜查二课课长，白鸟警官的同学。

15. 松本清长：警视厅刑事部部长。

16. 千叶圭介：琦玉县警部，首次登场的警察之一。

17. 绫小路文麿：京都警视厅警部，个性不苟言笑，拥有松鼠作为宠物。

这些人物在剧场版中扮演了重要的角色，推动了剧情的发展。