对违反规定设立"小金库"的资金，应依法依规进行处理。具体处理方式如下：

对于单位自清自查出的“小金库”资金

应如数转入单位财务账内，并按照税法的有关规定单独计算交纳流转税、所得税。

对于利用“小金库”中的公共财政资金或其他公款获取的违法所得，应当予以没收。

对于纪检监察机关在纪律审查中重点清查出的单位“小金库”资金

应责令该单位予以改正，调整有关会计账目，追回相关资金。

对单位按规定处以罚款，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员进行相应罚款。

属于国家公务员的，还应当给予相应的处分。

对于利用“小金库”中的公共财政资金或其他公款获取的违法所得，应当予以没收。

对于设立“小金库”的行为

设立“小金库”行为被列为违法行为，党纪处分应当按照总则规定的纪法衔接条款处理。

对滥发津贴、补贴、奖金行为，根据《党纪处分条例》第一百零四条规定，追究直接责任者和领导责任者的党纪责任。

具体处理时，应当按照多个违纪行为合并处理的原则，一并作出处理，给予党纪处分。

对于被查发现的小金库

除依法进行财务、税务等相关处理外，还要对责任单位和责任人员依法予以行政处罚。

并依纪依法追究责任。对设立小金库负有领导责任和直接责任的人员，依照相关规定严肃追究责任。

综上所述，对于违反规定设立"小金库"的资金，应依法进行财务、税务处理，并追究相关责任人员的党纪、政纪责任。对于违法所得，应当予以没收。同时，还应加强监督检查，防止“小金库”行为的再次发生。