蔡少芬在 怀孕期间拍摄了《甄嬛传》。她在综艺节目《我最爱的女人们》中透露，怀第一胎时曾不幸小产，半年后再次怀孕，当时正在拍摄《甄嬛传》。虽然她和老公曾经想过要放弃拍摄，但她已经签了合约，因此不能推剧。为了不想对剧组造成压力，她没有告知剧组人员自己怀孕，直到拍完整部戏，她才将这个好消息告诉剧组人员，大家都非常惊讶。

此外，蔡少芬还在多个场合提到过这段经历，包括在《快乐大本营》的录制中，她提到自己怀孕时拍摄《甄嬛传》的事情，孙俪等主演也表示非常震惊。在拍摄过程中，蔡少芬展现出了惊人的敬业精神，甚至因妊娠反应多次在片场晕倒。

因此，蔡少芬确实在生孩子时拍完了《甄嬛传》。