巴黎圣母院内部的主要结构包括：

五个纵舱（Nave）

中舱：位于教堂的中心，宽度为12.5米，是主要的礼拜空间。

两侧翼舱：各两个，宽度为2 × 12.5米，与中舱共同构成教堂的五个纵舱布局。

大圆柱

几排直径为5米的大圆柱将内部分为五个殿，这些圆柱高达24米，直通屋顶，形成狭窄而高耸的空间，增强了教堂的宏伟感。

连拱廊

主殿四周的连拱廊上方是一带双层窗户的走廊，再往上是大型窗户，透过这些窗户，阳光宁静地射进堂内。

穹顶（Vault）

穹顶宽33米，位于教堂的顶部，是哥特式建筑的典型结构，增强了教堂的垂直线条和空间感。

玫瑰花状大圆窗

主殿翼部两端各有一个玫瑰花状的大圆窗，直径为13米，上面满是13世纪时制作的彩绘玻璃，色彩绚烂，光线透过这些窗户射入室内，营造出浓厚的宗教氛围。

回廊

在十字交叉堂和唱诗堂周围有两个回廊环绕，增加了教堂的深度和复杂性。

圣坛

位于教堂的东端，是进行礼拜和宗教活动的重要区域。

地下墓室

教堂内有一个地下考古墓室，收藏了从罗马时代开始的巴黎城市遗迹，是游客参观的热门地点。

大管风琴

教堂内的大管风琴共有6000根音管，音色浑厚响亮，适合演奏圣歌和悲壮的乐曲。

雕塑和壁画

教堂内部摆置了许多壁画、雕塑和圣像，如著名的“巴黎圣母”像和圣母哀子像（Pieta），增添了教堂的艺术氛围。

这些结构共同构成了巴黎圣母院宏伟、庄严且富有宗教氛围的内部空间，使其成为欧洲建筑史上一个划时代的标志。