小米13 Pro的摄像头模组中，三个小孔分别是：

5000万像素超广角摄像头：

使用Samsung JN1传感器，光圈为f/2.2。

5000万像素长焦摄像头：

同样使用Samsung JN1传感器，光圈为f/2.0。

因此，小米13 Pro的摄像头模组中，三个小孔分别是5000万像素超广角摄像头和两个5000万像素长焦摄像头。