明朝后期的李贽对儒家思想进行了多方面的批判，具体包括：

批判儒家学说

李贽贬低甚至否定孔子和孟子的圣人地位，认为人人都可以成为圣人，因此不需要向圣人学习，更没有必要以他们的是非观作为自己的标准。这一主张本质上是在崇尚个性。

他反对将儒家经典视为绝对真理，认为应当经过批判性思考和个人理解，特别反对程朱理学的僵化教条，认为这种教条限制了人的思想自由和创造力。

批判封建礼教

李贽抨击封建礼教对思想的禁锢，尤其是为受压迫的妇女鸣不平，痛斥那些维护封建礼教的人，指责他们是假道学，是伪君子。

他提出“穿衣吃饭，即是人伦物理”的主张，挑战“天理”学说，认为真正的道德应该是从心里发出来的真诚和善良，而不是被那些外面的规矩给绑住。

批判封建统治

李贽著有一本《藏书》，对许多历史人物进行了评价，揭露封建统治者的残暴和朝廷的腐败，表达对现实政治的不满。

他反对以孔孟学说为权威和教条，挑战孔子及其儒家思想的正统地位，强调人的个性，但他的说法并没有根本否定儒家思想，而是取其精华。

提倡个性解放和商业的重要性

李贽批判重农抑商，扬商贾功绩，倡导功利价值，符合明中后期资本主义萌芽的发展要求。

在文学上，他提出“童心说”，主张文学作品要表达真实的感情和想法，反对当时风行的“摹古”文风。

李贽的这些批判和主张，体现了他对传统儒家思想的反思和对个性解放、社会进步的渴望。他的思想在当时具有一定的进步性，对后世也产生了深远的影响。