员工旷工的扣工资方式主要依据用人单位的规章制度和相关法律法规。以下是几种常见的扣工资方式：

按旷工天数扣工资

旷一天扣一天工资：这是最常见的做法，即员工旷工一天，扣发其当天的工资。

旷一天扣三倍工资：有些公司规定旷工一天扣发三天的工资，这种做法虽然严格，但需要有明确的法律依据或合同约定。

按比例扣工资

按旷工天数的一定比例扣工资：例如，每月迟到超过3次，从第4次开始每迟到1次视为旷工1天，员工每旷工1天，扣当月工资的8%。

赔偿经济损失

赔偿经济损失：如果员工旷工给用人单位造成了经济损失，用人单位可以依据劳动合同的约定要求员工赔偿，赔偿金额可以从员工工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。

其他行政处罚

行政处罚：一些单位除了扣工资外，还会根据内部规章制度对旷工行为进行行政处罚，如警告、记过等。

法律依据

《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

建议

合法性：用人单位在制定和执行扣工资规章制度时，必须确保符合相关法律法规，避免违法扣工资。

合理性：扣工资的比例和方式应合理，不能过高，以免对员工造成不公平的待遇。

透明度：用人单位应明确告知员工扣工资的具体规定和依据，确保员工了解并认同这些规定。

协商：在处理旷工问题时，用人单位应先与员工进行协商，尽量通过沟通解决问题，避免直接采取惩罚措施。

通过以上方式，用人单位可以在合法合规的前提下，有效管理员工的旷工行为，维护企业的正常运营秩序。