笛卡尔的本体论具有以下特别之处，综合其哲学体系中的核心观点可概括为：

一、思维与存在的区分

笛卡尔通过“我思故我在”（Cogito, ergo sum）确立思维与存在的优先关系，认为思维（意识、观念）是确定无疑的存在，而外部物质世界的存在需要通过思维来确认。这种区分旨在解决哲学中的“物质第一性”与“意识第一性”的争议，为后续的本体论证明奠定基础。

二、可能存在性与必然存在性的区分

笛卡尔在本体论证明中进行了两次重要的区分：

可能存在性与必然存在性：

他主张，虽然我们可以设想一个“至高无上的存在者”（上帝），但这种设想属于可能存在的范畴；而上帝作为“完美无缺的存在”，其存在是必然的、自明的。

观念与现实的区分：

思维中的观念（如上帝观念）与现实中的事物存在有本质区别。上帝观念因其包含必然性，成为现实存在的“自明理由”。

三、上帝存在的自明性

笛卡尔认为，上帝观念的必然性使其具有“自明性”，即这种存在无需通过经验或外部证明即可被理解。这种自明性需要通过理性和认知努力被领会，但一旦理解便不再产生怀疑。

四、对传统哲学的突破

笛卡尔的本体论证明突破了中世纪经院哲学的局限，例如：

反对安瑟尔谟的“思想存在即存在”：安瑟尔谟仅通过“至高无上的存在者”概念证明其存在，但笛卡尔强调上帝的必然性是独立于思维的。

理神论与泛神论的融合：笛卡尔既不完全依赖信仰，也不完全否定信仰，而是通过理性推导上帝存在，带有“理神论”和“泛神论”色彩。

五、对身心二元论的支撑

笛卡尔的物质实体（如广延、运动）与精神实体（如理智、欲望）的区分，以上帝为最高统一体，为身心二元论提供了哲学基础。

总结

笛卡尔的本体论通过思维与存在、可能性与必然性的区分，构建了“上帝存在→外部世界存在”的逻辑链条，其自明性证明和理性推导对后世哲学产生了深远影响，同时为科学革命提供了哲学基础。