当一个男生对女生说“早点休息”时，通常有以下几种含义：

表达关心：

男生可能真心关心女生的健康和幸福，认为熬夜对身体有害，会影响第二天的工作或学习。因此，他会建议女生早点休息，以保持身体和心理的健康。

想要结束聊天：

有时候，男生可能觉得和女生聊天的时间已经很长，或者自己需要休息，因此他会以“早点休息”作为结束聊天的借口。

关心女生的生活作息：

男生可能注意到女生经常熬夜，因此提醒她早点休息，希望她能养成良好的作息习惯。

个人疲劳：

男生可能因为当天工作或做了很多事情而感到疲劳，想早点休息，但又怕错过女生的信息，所以先让女生去休息。

综合来看，男生说“早点休息”大多是出于关心和想要结束聊天的原因。如果男生在深夜还主动关心女生并建议她休息，这通常表明他对女生有较深的情感。然而，具体含义还需结合两人之间的关系和互动情境来判断。