中农发集团拥有多家全资及控股子公司，其中包括：

中农发种业集团股份有限公司（简称“农发种业”，A股代码600313）。

中牧实业股份有限公司（简称“中牧股份”，A股代码600195）。

中水渔业股份有限公司（简称“中水渔业”，A股代码000798）。

中国水产总公司。

中国牧工商（集团）总公司。

中国乡镇企业总公司。

中国农垦（集团）总公司。

中国水产舟山海洋渔业公司。

中国水产湛江海洋渔业公司。

中国水产广州建港工程公司。

淄博柴油机总公司。

湖北省种子集团有限公司（简称“湖北种子”）。

中垦锦绣华农武汉科技有限公司（简称“锦绣华农”）。

山西潞玉种业股份有限公司（简称“山西潞玉”）。

山东中农天泰种业有限公司（简称“山东中农天泰”）。

江苏金土地种业有限公司（简称“江苏金土地”）。

甘肃兴达种业有限公司（简称“甘肃兴达”）。

中农发河南农化有限公司（简称“河南农化”）。

这些子公司业务涵盖农作物种业、农药、肥料以及农业综合服务业务等，体现了中农发集团在农业领域的多元化布局和综合实力。