柯南变小的原因是因为他 被黑暗组织灌下了APTX-4869药物。在《名侦探柯南》第一集《云霄飞车杀人事件》中，高中生侦探工藤新一在游乐园目击了黑衣组织的交易，被琴酒发现并打晕，随后被灌下了这种组织新开发的毒药。虽然原本以为会因此丧命，但新一却奇迹般地生还，并且身体缩小成了7岁左右的模样。

为了隐藏自己的真实身份并继续追查黑衣组织，新一化名为“江户川柯南”，并寄住在青梅竹马毛利兰的家中。他借助毛利小五郎的身份，利用其侦探的能力，继续与黑暗组织展开斗争。