根据《偷星九月天》的官方设定及多数粉丝分析，大结局中九月与琉星在一起。具体依据如下：

官方设定与剧情线索

- 单行本扉页人物介绍中，琉星与九月常被置于显眼位置，暗示两人关系紧密。 - 琉星在结局中开发出变身异能，九月为保护他放弃记忆并选择与他在一起。

粉丝主流观点

- 多数分析认为，结局中九月与琉星共同面对未来，且琉星在异能觉醒后九月主动放弃过去情感，坚定与琉星在一起。 - 部分观点提到“九月被抹去记忆后喜欢琉星”，但此设定更倾向为剧情铺垫而非结局结论。

争议与补充说明

- 少数观点认为结局可能开放，存在九月与十月、琉星分道扬镳的可能性，但缺乏官方依据。 - 有低权威性信息提到“九月化为光束消失”，但此说法与主流剧情矛盾，且来源可靠性存疑。

综上，综合官方线索与粉丝共识，最可靠的结论是九月与琉星在大结局中在一起。