工藤新一在《名侦探柯南》中出现的集数较为广泛，以下是详细归纳：

一、主线剧情中变身出现的集数

云霄飞车杀人事件 （TV-001）

新一初次登场，但未完全暴露身份。

外交官杀人事件（后篇）（TV-049）

首次以工藤新一身份破案，遇到服部平次。

飞天密室（TV-162）

工藤新一被灌下APTX 4869，首次以新一身份办案。

危命的复活（第三种选择/黑衣骑士/新一回来了）（TV-190/191/192）

三次复活后以新一身份出现，包括与兰的互动。

工藤新一NY事件（TV-286/287/288）

纽约篇中，包括事件篇、推理篇及解决篇，均以新一身份参与。

与黑衣组织对决（TV-345）

满月之夜的二元推理中，新一身份暴露但未完全公开。

其他关键篇目

- 少年时代冒险篇（TV-472/473）。

二、其他出场方式

回忆与假身份：

在100集左右的初恋情人回忆事件中，新一以回忆形式出现；工藤新一VS怪盗基德篇（TV-235-238）中，他以工藤新一身份参与。

剧场版与特别篇：如《迷宫的十字路口》剧场版、《漆黑的特攻队》等。

三、1000集以后的出场

《名侦探柯南》1000集后：包括《绯色的真相》《解谜的波本》等正传作品，以及《密室中的柯南》《决战黑衣组织》等衍生作品，均有新一身影。

以上集数综合自漫画主线剧情及剧场版，若需精确到单集，可参考《名侦探柯南》官方动画集数表。