2009年MAMA亚洲音乐颁奖典礼东方神起仅三人出席的原因可归纳为以下三点：

SM公司的坚决抵制

由于SM公司长期与Mnet及其主办的MAMA颁奖典礼存在矛盾，2009年MAMA邀请东方神起时，SM明确表示不参加该活动。作为独立公司，东方神起选择与SM对抗，因此未受公司限制。

成员个人合约纠纷

2009年7月，成员细亚俊秀（Jisoo）、英雄在中（Hunjin）、秘奇有天（Yoo Chou）与SM公司爆发合约纠纷，进入法律诉讼阶段。根据法院判决，三人获得自由活动权利，但Mnet仍以“临时审判”为由拒绝提供资源支持。

成员个人意愿与公开立场

三人曾表示因海外行程无法与粉丝见面交流，希望通过出席颁奖典礼弥补遗憾，并以此表达对粉丝的承诺。尽管三人对单独出席MAMA存在遗憾，但最终在法律判决和Mnet邀请下，选择以团体名义参赛。

补充说明：

东方神起五人组合的完整性从未正式解除，成员个人发展仍与组合整体相关；

该事件被视为成员与SM对抗的标志性事件，但组合并未因此解散。