即使日本限制入境，签证申请仍然可以继续进行。根据最新的信息，日本关闭国门的期限暂定为一个月，并且限制对象包括短期商务签证、留学生以及技能实习生等所有新入境签证。审查济证和签证申请被暂停受理，但原则上新入境政策一旦发布后，所有新入境签证都将被禁止入境，除非存在人道主义原因等特殊情况。

对于已经发给外国人的签证，在禁止入境期限内是无效的，同时各驻外使领馆不再签发新签证。然而，对于已经在日本的留学生，持有日本的留学签证，应该也属于自动顺延3个月的对象。因此，理论上，他们仍然可以享受签证自动续延的待遇，只是签证在禁止入境期间不能进入日本，属于暂时失效。

综上所述，尽管日本实施了入境限制，但签证申请过程本身并未完全停止。申请人可以继续提交签证申请，但需要等待政策明确允许入境后才能顺利办理签证手续。建议密切关注日本政府的官方通知，以便及时了解最新的入境政策和签证申请要求。