在制备聚丙烯酰胺凝胶的过程中， 过硫酸铵（APS）主要作为催化剂使用。它与四甲基乙二胺（TEMED）一起，引发丙烯酰胺和双丙烯酰胺的聚合反应，从而形成用于蛋白分离的聚丙烯酰胺凝胶。

具体来说，APS在电泳中的主要作用包括：

催化聚合反应：

与TEMED一起作为引发剂，促使丙烯酰胺和双丙烯酰胺聚合，形成凝胶。

加速聚合过程：

提高聚合反应的速率，使凝胶能够在较短时间内形成并达到适当的稠度。

因此，APS在聚丙烯酰胺凝胶制备中起着至关重要的作用，确保凝胶的顺利形成和蛋白质的有效分离。