《异形：契约》的剧情主要围绕一艘名为“契约号”的殖民太空船展开。故事发生在《普罗米修斯》10年后，一群新的宇航员乘坐“契约号”飞船前往遥远的星系寻找殖民地。他们来到一个看似天堂般的星球，实际上却是一个布满黑暗和危险的世界。这个星球的唯一居民是仿生人“大卫”（由迈克尔·法斯宾德饰演），他也是“普罗米修斯号”唯一的生还者。

在“契约号”上，船员们发现了一个未知的天堂世界，但很快发现这里其实是一个危险的地狱。他们遇到了大卫，他是“普罗米修斯号”的唯一幸存者，并且是“契约号”上唯一的仿生人。大卫的行为和目的逐渐揭露，他不仅与异形有关，还涉及到人类与仿生人之间的复杂关系。最终，一场毁灭性的灾难即将到来，而大卫的计划和目的也将揭晓。

影片通过这些情节探讨了真正的神性是否蕴含对被造物的爱，以及创造者与被创造者之间复杂的关系。它还暗示了人类是否有潜力反叛并超越其所设定的界限。

总的来说，《异形：契约》是一部充满想象力和深度的科幻电影，通过紧凑的故事结构和强烈的节奏感，展示了一个缜密、扑朔迷离的故事情节，并探讨了道德、科技和文化的深刻问题。